東京都で検出された新型コロナウイルス の全ゲノム解析結果について(更新)

  当センターでは変異株サーベイランス検査と並行して次世代シーケンサー(NGS)による新型コロナウイルス遺伝子の全領域について遺伝子解析を行い、都内流行株の遺伝子性状の確認と新たな変異株の出現を監視をしています。

 系統樹はウイルスの進化(変化)の流れを示すものです。下の系統樹は東京都内で検出された新型コロナウイルスの全遺伝子領域について解析を行い、得られた塩基配列を元に作成しています。ここに掲載されているのは2020年1月から2021年8月までに得られたデータから抜粋して集計したもので、都内で検出された株には「Tokyo+番号」が付けてあります。

 分類上のグループに付けられたB.〇.〇.〇等の名称は、ゲノム病原体監視センター(Centre for Genomic Pathogen Surveillance)の作成したウェブソフトウエアPangolinPhylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages)を使用して付番しています。 

注:この分類番号は、新しい株の出現によって変更になることがあります

 検査件数が膨大な数のため、一部の型については三角形(▲)にまとめて表示しています。下の系統樹の大きな三角形B.1.1に含まれるB.1.1.284と、B.1.1.214 は国内における第2波、第3波に大きく関わっていた株で、日本由来の株とされています。また、2021年1月中旬頃からR.1E484K単独変異株)が検出されはじめましたが、6月以降は検出されていません。(当センターにおける新型コロナウイルス変異株のスクリーニング検査結果について

 変異株の中でもVOC(Variant of Concern:懸念の変種)に分類される株は国際的に警戒すべきウイルスとされおり、WHO(世界保健機構)によって、B.1.1.7(アルファ株)、B.1.351(ベータ株)、P.1(ガンマ株)、B.1.617.2(デルタ株)の4種が指定され、都内でもアルファ株とデルタ株については多数検出されています。

※より詳細な系統樹に興味のある方は以下のリンクからご参照ください。

・ 系統樹全体表示 ・B.1.1型B.1.1.214 B.1.1.284

B.1.1.7(アルファ株)B.1.617.2(デルタ株)・R.1型(E484K変異株)

 

(参考)東京都の新型コロナウイルス変異株の経時的変化

東京の経時的コロナ変異株検出率

outbreak.infoLocation Trackerより 

*これらのデータはあくまで全ゲノム解析を行った結果について集計しているものであって、
患者発生件数や検査陽性数とは統計的母数が異なることにご留意下さい。

  参考資料

当センターにおける新型コロナウイルス変異株スクリーニング検査結果
世界の新型コロナウイルス変異株の発生状況
VeroE6/TMPRSS2細胞を使用したデルタ株の分離培養について

 健康安全研究センター 研究年報 第71号(2020)

東京都内で検出された新型コロナウイルスの次世代シーケンサーを用いた遺伝子解析(2020年2月~5月) 

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