当所の新型コロナウイルス変異株の検査体制(JN.1変異株のスクリーニング)

  当センターでは、2020年12月からリアルタイムPCRによる新型コロナウイルスの変異株スクリーニング検査を行っています。この検査ではアルファ株(B.1.1.7)、ベータ株(B.1.351)、ガンマ(P.1)のスパイク蛋白に共通して現れるN501Y変異、ベータ株、ガンマ株、R.1株に見られるE484K変異デルタ(B.1.617.2)に現れるL452R変異の有無を確認してきました 

 現在流行中のJN.1変異株についてはスパイクタンパクを合成する遺伝子の455番目に当たるアミノ酸がロイシン(L)からセリン(S)に変化するS:L455S変異を持つ事を指標に変異株スクリーニングを行っています。

その後、新たな変異株、オミクロン株の発生の報告を受けてセンター独自の変異株PCR検査手法を開発し、2021年12月3日より当該ウイルスの検査を開始しました。この方法ではL452RN501YE484Aの変異の有無を検出することで、新型コロナウイルスがオミクロン株、デルタ株、アルファ株のいずれに該当するか推定することが可能となりました。

東京動画東京ウィークリーニュース 
参考: 研究年報 第72号リアルタイムPCR法を用いたSARS-CoV-2変異検出法の検討

 

 WHOの定義する「監視下のオミクロン亜系統」5月8日指定更新

オミクロンVOCが世界中で広く伝播し、それに伴いウイルスの多様性が増大することが予想されることから、2022年7月13日よりWHOはVOCの亜系統追跡システムに「監視下のオミクロン系亜系統」 (Omicron subvariants under monitoring)という新しいカテゴリーを追加し、優先的に注意と監視を必要とする亜系統を指定しました。

当センターでは下記の検査法を開発し、上記亜系統を含む検査を開始しました。
令和5年度】東京都新型コロナウイルス感染症モニタリング会議・分析資料
(第117回)東京都新型コロナウイルス感染症モニタリング会議資料(令和5年4月28日)
  05 変異株検査 (PDF 394.1KB)新しいウィンドウで開きます
 
 参考世界の新型コロナウイルス変異株の発生状況(令和5年5月8日更新)随時更
     :東京都で検出された新型コロナウイルスの全ゲノム解析結果について(BA系統追加)
     研究年報 第72号(2021)リアルタイムPCR法を用いたSARS-CoV-2変異検出法の検討
 第73号(2022 先行公開)新型コロナウイルス変異株B.1.1.529系統(オミクロン株)に おける 「懸念される変異株における監視下の系統」の全ゲノム情報による解析 
 
【報道発表資料】

 ・オミクロン株の亜系統「BA2.12.1系統」と「BA.5系統」「BA.1系統とBA.2系統の組換え体」の確認について(第3264報)

 ・オミロンBA.2系統 PCR開始(2923報)
 ・オミクロン株 PCR検査開始(2705報)
東京都新型コロナウイルス感染症モニタリング会議資料
 
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