当センターにおける新型コロナウイルス変異株のスクリーニング検査結果について(9月21日更新)

 

 当センターでは、2020年12月からリアルタイムPCRによる新型コロナウイルスの変異株スクリーニング検査を行っています。この検査はアルファ株(B.1.1.7)、ベータ株(B.1.351)、ガンマ(P.1)のスパイク蛋白に共通して現れるN501Y変異、ベータ株、ガンマ株、R.1株に見られるE484K変異デルタ型(B.1.617.2)に現れるL452R変異の有無を見ています。 

 国立感染症研究所では、国内の変異株についてアルファ、ベータ、ガンマ、デルタ株を「懸念すべき変異株」(VOC)それ以外の特徴的な変異を持つ株を「注意すべき変異株」(VOI)としています。

新型コロナウイルス変異株と遺伝子変異部位の関係表 (出典:東京都iCDCにおけるスクリーニング検査について)

 

当センターにおける都内変異株スクリーニングの検査結果

  当センターで行った変異株スクリーニング検査では、2021年3月以降約半数近くを占めていたE484K変異を持つR.1株(グラフ緑色)に代わり、4月からN501Y変異を持つアルファ株(グラフ青色)が急増し、陽性検体の多くを占めていましたが、6月からは L452R変異を持つデルタ株(グラフ赤色)の割合が増加し続け、8月末にはこの型が全てを占めるまでになりました。

健安研におけるゲノム解析等による都内の変異株の発生状況(モニタリング会議資料抜粋)(PDF:533KB) より

(出典:東京都iCDCにおけるスクリーニング検査について :都内の変異株の発生割合)

 

 また、当センターでは次世代シーケンサーを使用した新型コロナウイルスの全領域遺伝子解析を併せて実施しており、新たな変異株の出現にも柔軟に対応できる体制を整えています。

 

参考:東京都で検出された新型コロナウイルス の全ゲノム解析結果について(2021年9月更新)

世界における新型コロナウイルス変異株の動向

世界でも新型コロナウイルスの変異株の割合が刻々と変化しています。世界的にも多くの地域でデルタ株及びその亜型株(AY株)の検出割合が大きく上昇しています(2021年8月23日現在)
(各グラフをクリックすると最新のデータにアクセスします 

AYの系統はデルタ株(B.1.617.2)のサブ系統に指定され、命名組織であるPangoNetworkでは別段の定めがない限りこれら新しいAY系統はデルタ変異株として扱われるべきであるとし、WHOでもデルタ株には全てのAY系統が含まれるとしています。(2021年9月2日WHO)

 アメリカの時間経過による変異株の割合 (出典:Outbreak.info

 

イギリスの時間経過による変異株の割合 (出典:Outbreak.info) 

 

インドの時間経過による変異株の割合 (出典:Outbreak.info

AYの系統はデルタ株(B.1.617.2)のサブ系統に指定され、命名組織であるPangoNetworkでは別段の定めがない限りこれら新しいAY系統はデルタ変異株として扱われるべきであるとし、WHOでもデルタ株には全てのAY系統が含まれると定義しています。

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